第一名，新疆大学
新疆大学，简称新大，是教育部与新疆维吾尔自治区共建的“双一流”大学，也是国家“211”工程院校。它是新疆最好的大学之一，拥有26个二级学院。其中中国少数名族语言文学、应用数学是国家级重点学科，科研流动站12个。
新疆大学位于乌鲁木齐，目前有三个校区，分别是校本部、南校区、北校区，占地面积约4363亩;有各类在读学生35899人，其中普通本科生21413人，硕士研究生8906人，博士研究生696人，在职攻读硕士学位学生537人，留学生176人。
学校在首府乌鲁木齐，又是211高校，被列为世界一流高校建设计划，所以这所高校也是进疆求学的第一选择，含金量十足。
第二，石河子大学
石河子大学简称石大，同样是一所211工程大学，办学历史悠久，师资力量雄厚。由新疆建设兵团主管，是一所世界一流学科建设高校。也有人认为它的实力不次于新疆大学，优势学科明显，特色鲜明。
石河子大学位于第八师所在地石河子市，
有国家重点学科农学、农业机械化及其自动化、动物医学、临床医学、农林经济管理等，不仅服务于新疆地方经济，也是全国性重点学科。
石河子大学有20个二级学院，4个附属医院，8个一级学科博士点、26个一级学科硕士点，实力不俗。
第三，新疆医科大学
许多新疆本土人认为新疆医科大学是最值得选的新疆高校，重点学科的取分非常高，未来就业和工作后的待遇也最好，是和非常值得选择的本土大学。其中新疆医科大学第一附属医院就是全疆排名第一的医院，全国也是前一百。
新疆医科大学，位于乌鲁木齐市，校本部已搬迁至河马泉新区。2006年被列为省部共建高校，也是援建建设高校。有国家级特色专业中医学，药学，临床医学，维医学等，当然了取分也都很高。
此外，新疆还有新疆农业大学、新疆师范大学、新疆财经大学、伊犁师范大学、喀什大学、塔里木大学、新疆工程学院等本科院校，数量非常多。但是以上三所是最值得选择的。
